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种子处理是实现花卉的工厂化育苗的关键性技术之一，清选是为清除种子中的夹杂物，如鳞片、果皮、果柄、枝叶、碎片、瘪粒、病粒、土粒、其它种类的种子等，以便于播种的顺利进行。一般少量种子可用手选。种子量比较多时可用风选、筛选和水选。 风选：适用于中小粒种子，利用风、簸箕或簸扬机净种。少量种子可用簸箕扬去杂物。

种子发芽以后，紧接着是下胚轴伸长，顶芽突破基质，上胚轴伸长，子叶展开，根系、茎干及子叶开始进入发育状态。这一阶段称为第二阶段。第二阶段的管理***是下胚轴的矮化及促壮。如果下胚轴伸长过快，就会引起幼苗徒长。要想促壮及矮化幼苗的下胚轴，必须严格控制栽培环境的各个主导因子，如温度、湿度、光照等。幼苗子叶展开的下胚轴长度以0.5cm较为理想，1.0cm以上则有徒长的现象。

幼苗要开始施肥。开始肥料的浓度为2500～3000倍（或100～150ppm）足够，当初始的两片真叶完全展开之后，肥料浓度增加到2000倍。肥料氮、磷、钾的比例选择氮含量较低的配方（N∶P∶K=15∶10∶30），以减少叶面积的快速生长，降低其蒸腾作用。营养过量，除了容易造成徒长弱苗之外，基质的电导率增加，根系的正常发育也会受到影响。